大多數人認為超純水設備和純水設備是一種工作原理和性能，本質上沒有區別，實際上并非如此。
超純水設備和純水設備在工作原理、產水水質標準、采用工藝流程、用途等方面都有所不同，具體區別如下。
一、工作原理方面的區別
純水設備采用先進的反滲透技術，其工作原理是對水施加一定的壓力，使水分子和離子態的礦物質元素通過反滲透膜。溶解在水中的絕大部分無機鹽（包括重金屬）、有機物以及細菌、病毒等無法透過反滲透膜，從而使滲透過的純凈水和無法滲透過的濃縮水嚴格的分開。
超純水設備是在反滲透技術的基礎上，添加了離子交換和終端處理技術，有些還有深度離子除鹽、超濾和UV光氧化作用設備。盡可能徹底地去處天然水中常見的可溶性無機物、有機物、顆粒物、微生物、可溶性氣體等雜質。
二、產水水質方面的區別
純水設備的出水水質，一般達到新版的《生活飲用水新標準》即可。
超純水設備的產水水質有比較嚴格的要求，一般根據應用行業的特殊性，電導率需達12MΩ、15MΩ、17MΩ、18MΩ、18.2MΩ等不同級別的超純水。
三、采用工藝方面的區別
純水設備采用反滲透工藝，對水施加的壓力，水通過孔徑只有0.0001微米反滲透膜，過濾掉水中0.02-0.4或0.4-1微米的病毒、細菌等雜質。
超純水設備常用的工藝方法有蒸餾法、反滲透法、離子交換法、過濾法、吸附法、紫外氧化法等，將水的純化過程大致分為4大步，預處理（初級凈化）、反滲透（生產出純水），離子交換（可生產出18.2MΩ.cm超純水）和終端處理（生產出符合特殊要求的超純水）。
四、設備用途方面的區別
純水設備的用途：
1、小型純水站、團體飲用純水；
2、食品、飲料、飲用水的制備；
3、海水、苦咸水的淡化；
4、制藥工業工藝用水；
5、電廠化學水處理；
6、精細化工、精尖學科用水。
超純水設備的用途：
1、超純材料和超純試劑的生產和清洗；
2、電子、半導體、精密機械行業用超純水；
3、電池產品的生產；
4、半導體產品的生產和清洗；
5、電路板的生產和清洗；
6、其他實驗高科技精細產品的生產等。